Líffræðileg meðferðarferli krefjast stöðugs örveruumhverfis í hvarfkerfinu. Þetta krefst venjulega að viðhalda háum seyrustyrk (MLSS) og viðeigandi seyrugeymslutíma (SRT) til að tryggja nægilegt niðurbrot á lífrænum efnum og ammoníak köfnunarefni. Jafnframt ættu áhrifagæði að vera eins jafnvægi og hægt er til að forðast of mikið höggálag, sem getur haft neikvæð áhrif á örveruvirkni og heildarvirkni meðferðar.
Aðgerðir á himnu krefjast strangrar eftirlits með þrýstingsmun yfir himnu (TMP) og himnuflæði. Stöðugt flæði eða stöðugur þrýstingur er almennt notaður meðan á notkun stendur, með rauntíma eftirliti með TMP breytingum til að meta himnufótröð. Ef þrýstingur eykst eða flæði minnkar, er tímanlega bakþvottur eða efnahreinsun nauðsynleg til að endurheimta afköst himnunnar og koma í veg fyrir óafturkræf gróðursetningu.
Mótunarstýring á himnu hefur sérstakar kröfur um loftun og vökvaskilyrði. Loftræstikerfið verður stöðugt að veita nægjanlegan skurðkraft til að draga úr seyruútfellingu á yfirborð himnunnar; Samtímis þarf að stjórna vökvasöfnunartíma (HRT) og afturhlutfalli á viðeigandi hátt til að forðast of mikla seyruuppsöfnun eða ójafnvægi á álagi kerfisins. Á heildina litið leggja vinnslukröfur Membrane bioreactor áherslu á jafnvægi kerfisreksturs og fágaða stjórn, sem eru lykillinn að því að ná stöðugu frárennsli og langtímavirkni.