Hönnunarreglan fyrir sjóafsöltunarbúnað byggir á sértæku gegndræpi hálf-gegndræpa himna. Við háan þrýsting þrýstist sjór í gegnum himnu með öfugu himnuflæði. Vatnssameindir fara í gegnum himnuholurnar til að mynda ferskt vatn, en saltjónir og önnur uppleyst óhreinindi eru geymd og losuð sem óblandaður saltvatn. Þess vegna er lykillinn að kerfishönnun að koma á nægilega háum rekstrarþrýstingi (venjulega miklu hærri en osmósuþrýstingur sjós) til að sigrast á náttúrulegri osmósutilhneigingu og ná fram öfugu aðskilnaðarferli.
Sjóafsöltunarbúnaður samanstendur venjulega af formeðferðareiningu, þrýstibúnaði, himnuskiljueiningu og eftir-meðhöndlunareiningu. Formeðferðarhlutinn fjarlægir sviflausn og lífræn efni með sandsíun, ofsíun eða efnaskömmtun til að koma í veg fyrir að himnur gróist. Þrýstibúnaðurinn er knúinn af háþrýstidælu.- Himnuaðskilnaðareiningin er kjarninn og notar mörg þrýstihylki sem eru tengd í röð og samsíða til að ná fram stórum-vinnslu. Eftir-meðhöndlun er notuð til að stilla pH, steinefna eða sótthreinsa, til að tryggja að framleitt vatn uppfylli drykkjarvatnsstaðla.
Sjóafsöltunarkerfi leggja sérstaka áherslu á endurheimt orku og bæta skilvirkni. Til dæmis er orkubatabúnaður (ERD) notaður til að endurheimta þrýstingsorkuna úr óblandaðri saltvatninu til að draga úr heildarorkunotkun. Samtímis, með því að hámarka fyrirkomulag himnunnar, stjórna endurheimtarhraða og draga úr himnufótrunum, er hægt að bæta rekstrarstöðugleika og hagkvæmni kerfisins enn frekar. Á heildina litið er hönnun afsöltunarbúnaðar fyrir öfugt himnuflæði í meginatriðum „sérhæft aðskilnaðarkerfi sem knúið er áfram af háþrýstingi,“ að teknu tilliti til vatnsgæða, orkunotkunar og-langtíma rekstrarstöðugleika.